这事以后，耶路撒冷圣殿虽已重建，但许多犹大人仍住在巴比伦。波斯王亚达薛西年间，巴比伦出了一位犹大文士名叫以斯拉，他是大祭司亚伦的后裔，非常敬畏耶和华，并教导其他人。以斯拉思乡情切，便向亚达薛西王上奏，请求返回耶路撒冷。因耶和华——他神的手帮助他，国王允准了他的一切所求，让他带大批财物并带领一千五百多人回耶路撒冷。并嘱咐以斯拉：以斯拉啊，要照着你神赐你的智慧，将所有明白你神律法的人立为士师、审判官，治理河西的百姓，使他们教训一切不明白神律法的人。
正月初一日，他从巴比伦起程；因他神施恩的手帮助他，五月初一日就到了耶路撒冷。以斯拉定志考究遵行耶和华的律法，又将律例典章教训以色列人。祭司以斯拉是通达耶和华诫命和赐以色列之律例的文士。以斯拉祷告，认罪，哭泣，俯伏在神殿前的时候，有以色列中的男女孩童聚集到以斯拉那里，成了大会，众民无不痛哭。属以拦的子孙、耶歇的儿子示迦尼对以斯拉说：我们在此地娶了外邦女子为妻，干犯了我们的神，然而以色列人还有指望。现在当与我们的神立约，休这一切的妻，离绝他们所生的，照着我主和那因神命令战兢之人所议定的，按律法而行。你起来，这是你当办的事，我们必帮助你，你当奋勉而行。以斯拉便起来，使祭司长和利未人，并以色列众人起誓说，必照这话去行；他们就起了誓。以斯拉从神殿前起来，进入以利亚实的儿子约哈难的屋里，到了那里不吃饭，也不喝水；因为被掳归回之人所犯的罪，心里悲伤。
他们通告犹大和耶路撒冷被掳归回的人，叫他们在耶路撒冷聚集。凡不遵首领和长老所议定、三日之内不来的，就必抄他的家，使他离开被掳归回之人的会。
于是，犹大和便雅悯众人，三日之内都聚集在耶路撒冷。那日正是九月二十日，众人都坐在神殿前的宽阔处；因这事，又因下大雨，就都战兢。祭司以斯拉站起来，对他们说：你们有罪了；因你们娶了外邦的女子为妻，增添以色列人的罪恶。现在当向耶和华——你们列祖的神认罪，遵行他的旨意，离绝这些国的民和外邦的女子。会众都大声回答说：我们必照着你的话行，只是百姓众多，又逢大雨的时令，我们不能站在外头，这也不是一两天办完的事，因我们在这事上犯了大罪；不如为全会众派首领办理。凡我们城邑中娶外邦女子为妻的，当按所定的日期，同着本城的长老和士师而来，直到办完这事，神的烈怒就转离我们了。
亚达薛西王二十年基斯流月，有个叫尼希米的犹大人，在书珊城的宫中，是王的酒政。那时，他的一个弟兄哈拿尼，同着几个人从犹大来，对他说：那些被掳归回剩下的人在犹大省遭大难，受凌辱；并且耶路撒冷的城墙拆毁，城门被火焚烧。
尼希米听见这话，就坐下哭泣，悲哀几日，在天上的神面前禁食祈祷，说：耶和华——天上的神，大而可畏的神啊，你向爱你、守你诫命的人守约施慈爱。愿你睁眼看，侧耳听，你仆人昼夜在你面前为你众仆人以色列民的祈祷，承认我们以色列人向你所犯的罪；我与我父家都有罪了。我们向你所行的甚是邪恶，没有遵守你藉着仆人摩西所吩咐的诫命、律例、典章。求你纪念所吩咐你仆人摩西的话，说：你们若犯罪，我就把你们分散在万民中；但你们若归向我，谨守遵行我的诫命，你们被赶散的人虽在天涯，我也必从那里将他们招聚回来，带到我所选择立为我名的居所。这都是你的仆人、你的百姓，就是你用大力和大能的手所救赎的。主啊，求你侧耳听你仆人的祈祷，和喜爱敬畏你名众仆人的祈祷，使你仆人现今亨通，在王面前蒙恩。
亚达薛西王二十年尼散月，尼希米在王面前摆酒，王对他说：你既没有病，为什么面带愁容呢？这不是别的，必是你心中愁烦。尼希米甚惧怕，对王说：愿王万岁！我列祖坟墓所在的那城荒凉，城门被火焚烧，我岂能面无愁容吗？王问我说：你要求什么？尼希米默祷天上的神，然后对王说：仆人若在王眼前蒙恩，王若喜欢，求王差遣我往犹大，到我列祖坟墓所在的那城去，我好重新建造。于是王喜欢差遣尼希米去。尼希米又对王说：王若喜欢，求王赐我诏书，通知大河西的省长准我经过，直到犹大；又赐诏书，通知管理王园林的亚萨，使他给我木料，做属殿营楼之门的横梁和城墙，与我自己房屋使用的。王就允准尼希米，因神施恩的手帮助他。王派了军长和马兵护送尼希米顺利通过河西，到达耶路撒冷。
一连三天夜里，尼希米骑上驴绕着城墙走，仔细查看毁坏的城墙，见有些地方坍塌厉害，石头横在路上，驴子走不过去，于是绕路而过。彻底查看完毕后，他就回家去了，没有人知道他所做的。
之后，尼希米对犹大平民、祭司、贵胄、官长，和其余做工的人说：我们所遭的难，耶路撒冷怎样荒凉，城门被火焚烧，你们都看见了。来吧，我们重建耶路撒冷的城墙，免得再受凌辱！尼希米告诉他们神施恩的手怎样帮助他，并王对他所说的话。他们就说：我们起来建造吧！于是他们奋勇做这善工。
但和伦人参巴拉，并为奴的亚扪人多比雅和亚拉伯人基善听见就嗤笑，藐视他们，说：你们做什么呢？要背叛王吗？尼希米回答他们说：天上的神必使我们亨通。我们做他仆人的，要起来建造；你们却在耶路撒冷无份、无权、无纪念。那时，参巴拉听见尼希米修造城墙就发怒，大大恼恨，嗤笑犹大人，对他弟兄和撒玛利亚的军兵说：这些软弱的犹大人做什么呢？要保护自己吗？要献祭吗？要一日成功吗？要从土堆里拿出火烧的石头再立墙吗？亚扪人多比雅站在旁边，说：他们所修造的石墙，就是狐狸上去也必坍倒。于是，尼希米派人在城墙上放哨，使百姓各按宗族拿刀、拿枪、拿弓站在城墙后边低洼的空处。尼希米察看了，就起来对贵胄、官长，和其余的人说：不要怕他们！当纪念主是大而可畏的。你们要为弟兄、儿女、妻子、家产争战。修造城墙的，扛抬材料的，都一手做工一手拿兵器。修造的人都腰间佩刀修造，吹角的人在尼希米旁边。他对贵胄、官长，和其余的人说：这工程浩大，我们在城墙上相离甚远；你们听见角声在哪里，就聚集到我们那里去。我们的神必为我们争战。于是，他们做工，一半拿兵器，从天亮直到星宿出现的时候。那时，尼希米又对百姓说：各人和他的仆人当在耶路撒冷住宿，好在夜间保守我们，白昼作工。这样，尼希米和他的弟兄、仆人，并跟从他的护兵都不脱衣服，出去打水也带兵器。
参巴拉、多比雅、亚拉伯人基善和其余的仇敌听见尼希米已经修完了城墙，其中没有破裂之处，那时还没有安门扇。参巴拉和基善就打发人来见尼希米，说：请你来，我们在阿挪平原的一个村庄相会。他们却想害尼希米。于是尼希米差遣人去见他们，说：我现在办理大工，不能下去。焉能停工下去见你们呢？他们这样四次打发人来见尼希米，尼希米都如此回答他们。参巴拉第五次打发仆人来见尼希米，手里拿着未封的信，信上写着说：外邦人中有风声，迦施慕（就是基善，见二章十九节）也说，你和犹大人谋反，修造城墙，你要作他们的王；你又派先知在耶路撒冷指着你宣讲，说在犹大有王。现在这话必传与王知；所以请你来，与我们彼此商议。尼希米就差遣人去见他，说：你所说的这事，一概没有，是你心里捏造的。他们都要使尼希米惧怕，意思说，他们的手必软弱，以致工作不能成就。尼希米祷告神，求神坚固他的信心，坚固他的手。
尼希米到了米希大别的孙子、第来雅的儿子示玛雅家里；那时，他闭门不出。他说：我们不如在神的殿里会面，将殿门关锁；因为他们要来杀你，就是夜里来杀你。尼希米说：像我这样的人岂要逃跑呢？像我这样的人岂能进入殿里保全生命呢？我不进去！尼希米看明神没有差遣他，是他自己说这话攻击尼希米，是多比雅和参巴拉贿买了他。贿买他的缘故，是要叫尼希米惧怕，依从他犯罪，他们好传扬恶言毁谤尼希米。
尽管干扰不断，以禄月二十五日，城墙还是修完了，共修了五十二天。犹大人的一切仇敌、四围的外邦人听见了便惧怕，愁眉不展。尼希米宣布：现在，每个人都知道神与我们同在，因为见这工作完成是出乎我们的神。若没有神的帮助，我们绝不可能完成这个工程。
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